Η επαρχία Μυλοποτάμου βρίσκεται στο Βορειοανατολικό τμήμα του Νομού Ρεθύμνης και στη βόρεια πλευρά του βρέχεται από το Κρητικό Πέλαγος. Το μεγαλύτερο βουνό της Κρήτης ο Ψηλορείτης δεσπόζει στη νοτιοανατολική πλευρά της επαρχίας ενώ στη νότια πλευρά βρίσκεται το βουνό Κουλούκωνας. Το σπήλαιο Ιδαίον ¶ντρο όπου γεννήθηκε, σύμφωνα με τη μυθολογία, ο πατέρας των θεών Δίας, βρίσκεται στην επαρχία αυτή.
Η καλλιέργεια της ελιάς και τα αμπέλια είναι η κύρια ενασχόληση των κατοίκων της περιοχής ενώ είναι ιδιαίτερα αναπτυγμένη η κτηνοτροφία.
Η ονομασία της επαρχίας αυτής προέρχεται από τον ποταμό Μυλοπόταμο που τη διαπερνά από Ανατολικά προς δυτικά. Την ονομασία αυτή την πήρε σχετικά πρόσφατα εξαιτίας της παρουσίας πολλών νερόμυλων οι οποίοι δούλευαν με την ροή του. Κατά τα Ενετικά χρόνια η επαρχία αυτή λεγόταν Μεγάλος Ποταμός. Κατά την Τουρκοκρατία η επαρχία Μυλοποτάμου μαζί με την Ρεθύμνης αποτελούσαν την επισκοπή Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου. Ο Μυλοπόταμος ήταν περιοχή όπου κυριάρχησαν πολλές αιματηρές συγκρούσεις, λόγω της μορφολογίας του.
Στην επαρχία Μυλοποτάμου βρίσκονται 3 δήμοι: